結構性超聲波一般在十八至廿二孕週進行，期間胎兒的結構及內臟器官較為清晰，容易檢查。當然，若有需要，也可在十八孕週前作結構性超聲波檢查。
 

由於超聲波儀器愈來愈先進，很多異常結構都可以在十一至十四週時成功診斷出來﹔但若太早進行檢查，某些器官(如心臟)會可能因胎兒太小而未能看得清楚。在懷孕後期如足月期間(三十七孕週後)，胎兒發育完整的骨頭可能會遮擋內臟器官，亦令檢查胎兒結構較為困難﹔再者，即使在廿四孕週後發現胎兒有缺陷，香港法例亦不容許終止懷孕。

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